1. Закрываю все подокна в 1С:Предприятие
2. Сохраняю отчет в конфигураторе с помощью команды "Сохранить как внешнюю обработку, отчет"
3. В Предприятии пытаюсь сформировать отчет, на что он выводит ошибку в тексте модуля, которую я давно исправил (видит старую версию). Закрываю настройки отчета.
4. В конфигураторе сохраняю модуль формы и макет (Ctrl+S)
5. В Предприятии формирую отчет. Формируется, но выводит старую версию макета.
6. Перехожу к пункту 1

Решилось с помощью перезапуска Предприятия и обновления конфы БД. Странно. Наверное, какие-то конфликты внешнего с внутренним отчетом.