Простейший отчет вот с таким запросом

ВЫБРАТЬ
   ВзаиморасчетыСКонтрагентамиОстатки.Организация,
   ВзаиморасчетыСКонтрагентамиОстатки.Заказ.Заказчик,
   СУММА(ВзаиморасчетыСКонтрагентамиОстатки.СуммаОстаток) КАК СуммаОстаток,
   ВзаиморасчетыСКонтрагентамиОстатки.Заказ.ПодразделениеКомпании.ДилерскийЦентр
ИЗ
   РегистрНакопления.ВзаиморасчетыСКонтрагентами.Остатки(, ) КАК ВзаиморасчетыСКонтрагентамиОстатки

СГРУППИРОВАТЬ ПО
   ВзаиморасчетыСКонтрагентамиОстатки.Организация,
   ВзаиморасчетыСКонтрагентамиОстатки.Заказ.Заказчик,
   ВзаиморасчетыСКонтрагентамиОстатки.Заказ.ПодразделениеКомпании.ДилерскийЦентр

И двумя группировками на выводе. Под администратором формируется, под пользователем нет.

Вставил этот запрос в обычную обработку под пользователем отрабатывает как надо. Значит дело в СКД.

Что нить знает в какую сторону тут копать?

может у пользователей нет прав на чтение этой таблицы РегистрНакопления.ВзаиморасчетыСКонтрагентами

(1) Есть конечно. И в обычной форме запрос отрабатывает все правильно.