Могут ли быть единицы хранения остатков в УТ и в Рознице разные?

да. это две независимые конфигурации

(1) - я имею в виду если при этом будет постоянный обмен между ними

не знаю, не пробововал... Но както не очень нравится

(2) При обмене данными это будет граблеударяющей идеей.

(4) почему?

(4) если у меня в опте (УТ) всем удобно работать с коробками, а в рознице со штуками то как тогда быть?

А что в УТ не может быть двух единиц измерения одного товара ? Остатки хранить в одних, а учитывать приходы, хоть в коробках, хоть в вагонах. Ут-шка вроде сама пересчитывает, иль не так ?

(6) ну и торгуй коробками а хрони в штуках