Существует ли связь между должности (упр. учет) и должности организации(регл. учет). Или они ведутся независимо?

как связь подразделений? - как-то сомневаюсь

В общем случае независимо. Однако должность регл. можно связать с должностью упр. через описание должности, используемое при приеме на работу. Собственно, только для этого эта связь и служит - как помощь при наборе персонала.