В модуле объекта документа пишу
Если 'Условие ' тогда
ВызватьИсключение "Сообщение пользователю";
КонецЕсли;

При этом в похожих ситуаций в случае вызова исключения появляется окно с сообщением, а в моем случае предлагается закрыть/перезапустить 1С. Из-за чего это может быть, и как сделать так чтобы показывалось окно с сообщением без закрытия программы?

Возможно случай такой?

замени ВызватьИсключение  на сообщениепользователю

(2) а как в таком случае отменить создание на основании?

(3) отказ = истина;

в какой процедуре пишешь?

(4) А если процедура вызывалась внутри другой процедуры, а эта вложенность может быть еще на порядок больше и в конце словили ошибку, при которой нужно запретить выполнение дальнейшего кода во всем стеке?)

Есть ситуации,когда в случае исключения платформа не знает как продолжить работу пользователя,отменив сделанные изменения - в этом случае - она предлагает сделать перезапуск.

(5) Процедура вызываемая из Обработка заполнения()

(6) в (0) такой постановки не было.
ну хочешь - пихай Отказ во все параметры на всю глубину
или вызывай свои методы через попытку, внутри ВызватьИсключение, а потом расшифровывать какой отлуп прилетел в ИнформацияОбОшибке

(9) Я к тому, что сообщить и отказ это не одно и тоже, что ВызватьИсключение. И хз для чего ТС выбрал именно последнее.