Есть 2 базы, обмен реализован на КД, но после загрузки пишет "Объект не найден"

Но если зайти через "открыть", то объект выбирается, перезаписываем и все впорядке. Ща будет скрин.

Тыщи причин могут быть. Смотри правила.

Вот например открываем

https://yadi.sk/i/OKMZcL8ryf7qE

Потом что, то делаем, например записываем, но это не обязательно

https://yadi.sk/i/fe2q6mGvyf844

И вуаля, есть объект:

https://yadi.sk/i/gNr_WlVcyf8FZ

Т.е. Получается он пишет "Объект не найден", но объект есть, и пока с ним что-то не сделаешь, он так и пишет.

Апппп

может полное наименование не формируется, посмотрите запросом справочник до перезаписи из формы

(5) Объект одинаковый, да я и не понимаю, как это должно было повлиять. Но уже не знаю в какую сторону смотреть.

Ещё немного мистики

Это табличная часть документа
https://yadi.sk/i/xpZckoaxyfdHz

А это его проводки
https://yadi.sk/i/k__kJuAcyfdJP

(7) Да какая мистика тут?
Смотри правила переброски табличной части. Указан ли там ПКО для номенклатуры.

Естественно. тогда бы поле Номенклатура была бы пустой вообще.
А так там стоит конкретная ссылка

"Объект не найден" может писать только в том случае если синхронизация идет по УИД, во всех остальных случаях будет просто пусто. Отсюда вывод - в базах объекты "одинаковые" с виду но не совпадают по УИДам.

Т.е. например сначала перенесли с синхронизацией по наименованию или коду, а потом решили сделать по УИД - а УИДы то уже благополучно все разъехались