Проблема в том что в конфигурации не используются модальные окна, поэтом Вопрос не получится использовать, а ПоказатьВопрос не ожидает ответа от пользователя.

Оповещение = Новый ОписаниеОповещения("ОтветНаВопросЗавершение", ЭтотОбъект);
        ПоказатьВопрос(Оповещение, ТекстВопроса, РежимДиалогаВопрос.ДаНет, 20);

&НаКлиенте
Процедура ОтветНаВопросЗавершение(Результат, ДополнительныеПараметры) Экспорт
    ЗаписатьВРегистр = Ложь;
    
    Если Результат = КодВозвратаДиалога.Да Тогда
        ЗаписатьВРегистр = Истина;
    КонецЕсли;
КонецПроцедуры


Почему то просто пролетает дальше

Потому что не модальное. Описывайте событие по завершению вопроса. В СП все написано с примерами

Разбивай процедуру на 2

(1) Режим = РежимДиалогаВопрос.ДаНет;
Оповещение = Новый ОписаниеОповещения("ПослеЗакрытияВопроса", ЭтаФорма, Параметры);
ПоказатьВопрос(Оповещение, НСтр("ru = 'Продолжить выполнение операции?';"
    + " en = 'Do you want to continue?'"), Режим, 0);
//...

&НаКлиенте
Процедура ПослеЗакрытияВопроса(Результат, Параметры) Экспорт
    Если Результат = КодВозвратаДиалога.Нет Тогда
        Возврат;
    КонецЕсли;

    //...

КонецПроцедуры



Вот СП, что то не вижу тут нужных примеров

ПоказатьВопрос(Оповещение, ТекстВопроса, РежимДиалогаВопрос.ДаНет, 20);

ПоказатьВопрос(Оповещение, ТекстВопроса, РежимДиалогаВопрос.ДаНет, 20);
Возврат;

(4) а что даст возврат после ПоказатьВопрос?

Неужели нельзя сделать так чтоб системы без ответа не продолжала работу?

система*

(6) нет

(5) Код не будет выполняться после твоего вопроса.
(6) Это и есть "Отказ от модальности".

(8) (9) Спасибо